保安是大铲湾码头的首要任务。码头通过与本地及国际有关当局密切合作，并采用最先进、最严密的保安设备及系统，确保港口保安超越《国际船舶和港口设施保安规则》以及其它国际安全准则的要求。

大铲湾码头保安系统将包括：

集装箱扫描系统 - 既能查验及记录每个进出码头的集装箱内装货物以及货车身份，又毫不影响码头的营运效率；

闭路电视 (CCTV) 监控系统 - 协助工作人员密切监控并管理码头作业状况；以及港运通（PCC）综合自动系统--在深圳所有码头广泛使用，可监控集卡进出码头的时间以及其它相关信息。